土壤微生物是指在土壤中生活著的種類繁多的微生物，如細菌、放線菌、真菌、土壤藻類和微小動物等。土壤微生物有些對農業有益，有些卻是有害的，土壤微生物是土壤中一個非常重要的組成成分，它對土壤性質、土壤肥力的形成及作物生長都有很重要的作用。
首先，在土壤的形成中，其實質是土壤重金屬修復劑有機質的合成和分解，而有機質的合成和分解都有微生物的參與。廢水除氟劑微生物是土壤有機質積累的先鋒，同時，有機質的分解更離不開微生物的作用。由于微生物分解有機質釋放養分的作用，廢水除氟劑就將地殼中有限的營養元素能周而復始的利用，保證整個植物生長發育對養分無限的要求。
在培肥土壤過程中使用各種措施使土壤更適于植物生長的要求，而這些措施主要靠微生物來參加作用。脫硝劑所以通過農業措施來培肥土壤的過程，即農業土壤熟化的過程，很多方面也就是調節土壤微生物活動的過程，如耕作、施肥、灌水、排水等措施都適當地調節了微生物的生態環境，脫硝劑促進有益微生物朝著培肥地力的方向發展，提高土壤肥力。
